Kartleggingen som beskrives er en utvalgskartlegging, der kun arealene som tilfredsstiller kriteriene for en Viktig naturtype for naturmangfold skal kartfestes. Instruksen beskriver kartlegging av 76 Viktige naturtyper for naturmangfold, hvorav 50 er rødlistet i henhold til Norsk Rødliste for Naturtyper 2011 (Artsdatabanken) mens 26 er fastsatt etter anbefaling fra en ekspertgruppe bestående av Norsk institutt for naturforskning (NINA), Norsk institutt for bioøkonomi (NIBIO) og NTNU Vitenskapsmuseet. Metoden for å vurdere lokalitetskvalitet er også utarbeidet av ekspertgruppa. All kartlegging som følger denne instruksen skal gjøres med NiN-app. Dette er versjon datert 28. juni 2018.