Noen områder i Tromsø havn var sterkt forurenset av miljøgifter som PAH, TBT og PCB. Kilder til forurensningen har vært blant annet avrenning fra byen, kloakkutslipp, skipsverft og skipstrafikk.
Nye kaier og utvidelse av havneareal
Tromsø havn ble ferdig ryddet i 2012. Forurenset sjøbunn ble mudret og lagt i et kaideponi. Dette deponiet ble brukt som fundament for etablering av nye kaier på Prostneset.
Finansieringen ble delt mellom Miljødirektoratet, Tromsø Havn KF, Tromsø kommune og andre grunneiere.
Etter at havna var mudret, kontrollerte Tromsø Havn at forurensningen var fjernet. Der det var nødvendig ble det tildekket på nytt med rene masser.
Sjøbunnen overvåkes
Områdene som ble ryddet opp har blitt overvåket siden 2013. De seneste årene har undersøkelser vist at flere av delområdene har noe forhøyede verdier av PAH og PCB, og sjøbunnen overvåkes for å følge med på at det ikke lekker miljøgifter eller skjer ny spredning. Tiltaket følges opp av Tromsø havn KF og Statsforvalteren.