Gebyrenes størrelse fastsettes av havneansvarlig og skal ikke overstige omkostningene forbundet med mottaksordningen for de enkelte fartøygrupper i havnen. Gebyrene kan innkreves av havneansvarlig for hvert anløp eller som årsgebyr, sesonggebyr eller liknende.

Ved anløp til oppankringsplass i norsk havn skal det ikke kreves gebyr som nevnt med mindre det leveres avfall til mottaksordningen.

Skipsavfallsdirektivet omtaler to former for gebyr, direkte og indirekte gebyr. Direkte gebyr beregnes på grunnlag av typen og mengden avfall skipet leverer. Det indirekte gebyret i skipsavfallsdirektivet er det samme som generelt gebyr i forurensningsforskriften.

Utgangspunktet for avfallsgebyr i havn følger av § 20-9 første ledd, som fastslår at det skal kreves generelt gebyr for omkostningene forbundet med mottak og videre håndtering av avfall fra skip. Det generelle gebyret skal innkreves uavhengig av om det leveres avfall fra skipet til mottaksordningen. Formålet med det generelle gebyret er å forebygge marin forsøpling. Når skipene blir pålagt et generelt gebyr ved anløp, uavhengig av om og hvilket avfall de leverer til mottaksordningen i havnen, blir risikoen for at avfall holdes tilbake ombord eller blir dumpet på sjøen mindre. 

Det generelle gebyret skal dekke indirekte administrasjonskostnader, og en vesentlig del av de direkte driftskostnadene. Hvilke kostnader som er indirekte administrasjonskostnader, og hvilke kostnader som er direkte driftskostnader, fremgår av vedlegg II. 

Følgende kostnader skal dekkes gjennom det generelle gebyret:

• Indirekte administrasjonskostnader.
• Minst 30 % av de direkte kostnadene til levering av avfall foregående år for hver av de formene for avfall som er omfattet av definisjonen i § 20-3 nr. 1, med unntak av avfall fra avgassrensesystemer og lasterester. Også kostnader knyttet til den forventede trafikkmengden kommende år kan tas med i beregningen.
• Kostnadene for mottak og videre håndtering av avfall omfattet av MARPOL vedlegg V.
• Kostnadene for mottak og videre håndtering av oppfisket avfall.

Selv om det ikke fremgår eksplisitt, forutsetter sammenhengen i gebyrbestemmelsene at det kan kreves direkte gebyr for den delen av kostnadene som ikke dekkes av det generelle gebyret. Dersom en del av kostnadene ikke dekkes gjennom det generelle gebyret, skal dette dekkes gjennom direkte gebyr på grunnlag av typen og mengden avfall skipet faktisk leverer.

Utover kravene som omtales her, er det opp til havneansvarlig i den enkelte havn å fastsette hvor stor andel av kostnadene som skal dekkes av det generelle gebyret, og hvor stor andel som skal dekkes av direkte gebyr. Alle havnens kostnader forbundet med mottak og videre håndtering av avfall fra skip skal dekkes gjennom gebyr.  

Det skal i utgangspunktet ikke kreves direkte gebyr ved levering av MARPOL vedlegg V-avfall, da kostnadene for denne typen avfall skal dekkes gjennom det generelle gebyret. 

Dersom mengden levert avfall overskrider den maksimale lagringskapasiteten angitt i melding etter § 20-7, kan det likevel kreves tilleggsgebyr for slikt avfall. Tilleggsgebyr skal beregnes på grunnlag av mengden som er overskridende. 

Beregningsregelen i forskriften § 20-10 fjerde ledd første setning skal ikke anvendes slik den står. Momentene knyttet til skipets kategori, type og størrelse kan likevel legges til grunn så langt det er relevant og i tråd med differensieringsreglene. 

Alle kostnader for mottak og videre håndtering av oppfisket avfall skal inngå i det generelle gebyret, uavhengig av mengden som leveres.

Dersom andre finansieringsordninger, for eksempel produsentansvarsordninger, bidrar til å dekke kostnader for mottak og behandling av oppfisket avfall, skal gebyret reduseres tilsvarende. Dette kravet skal sikre at havnen ikke får dobbel dekning for sine kostnader.

Kostnader forbundet med mottak og håndtering av avfall fra avgassrensesystemer og lasterester skal ikke dekkes gjennom det generelle gebyret. Disse kostnadene skal dekkes gjennom direkte gebyr, beregnet utfra type og mengde avfall som leveres.

Etter § 20-10 andre og tredje ledd er det egne beregningsregler for gebyr for henholdsvis oljeavfall og annet farlig avfall, og levering av kloakk. Slikt avfall skal imidlertid ikke beregnes etter særskilte regler, men inngå i øvrig beregning av generelt og eventuelt direkte gebyr. Beregningsreglene i § 20-10 andre og tredje ledd skal ikke anvendes slik de står. Momentene knyttet til skipets kategori, type og størrelse kan likevel hensyntas så langt det er relevant i tråd med differensieringsreglene.

Etter § 20-9 andre ledd skal gebyrets størrelse ikke overstige omkostningene forbundet med mottaksordningene for de enkelte fartøygrupper i havnen. I tillegg har havneansvarlig mulighet til å differensiere gebyrene ytterligere utfra en eller flere av følgende punkter: 

• Kategori, type og størrelse på skipet
• Havnetjenester som gis utenom havnens normale åpningstider
• Den farlige karakteren av avfallet som leveres

Det skal gis fradrag i gebyret hvis fartøyenes konstruksjon, utstyr eller drift bidrar til reduksjon i mengden avfall som genereres på fartøyet og en miljøvennlig og bærekraftig håndtering av avfall. Dette vurderes ut fra kriterier fastsatt av EU.

Skip som frakter gods eller passasjerer mellom havner i det geografiske Europa eller mellom disse havnene og havner i ikke-europeiske land med kystlinje mot de innelukkede havnene som grenser til Europa skal få fradrag i avfallsgebyret. Gebyret bortfaller for rutegående skip som er fritatt fra leveringsplikten.