Behandling av en søknad om tillatelse etter forurensningsforskriften kapittel 13, vil være nokså tilsvarende en behandling etter kapittel 12 om krav til utslipp av sanitert avløpsvann fra bolighus, hytter og lignende. Forskjellen er at kommunen ofte er både eier av anlegget og ansvarlig forurensningsmyndighet for avløpsanlegg omfattet av kapittel 13. Dette stiller spesielle krav til at kommunen har en skikkelig avgrensning av ansvar internt, slik at sammenblanding av roller unngås. Aktuelle virkemidler i denne sammenheng kan være følgende:

• Delegere myndighet etter forurensningsforskriften til en annen etat eller avdeling enn den som planlegger eller driver de kommunale renseanleggene. Myndigheten kan for eksempel delegeres til samme kommunale forvaltningsgren som er delegert myndighet etter folkehelseloven.
• Delegere rollen som konsesjonsmyndighet og tilsynsmyndighet til ulike etater
• Opprette felles tilsynskontor for flere kommuner eller en region, slik det for eksempel er gjort i Drammensregionen for små avløpsanlegg, og hvor Lier kommune er vertskommune. På denne måten blir gjennomføringsevnen større og kompetansen høyre.
• Utforme retningslinjer og prosedyrer for å sikre korrekt saksbehandling og riktig myndighetsutøvelse
• Dokumentere at de kommunale utslippene overholder de krav som er fastsatt gjennom aktiv bruk av internkontroll
• Utnytte kommunale planprosesser til å fastsette hovedplan for avløp, miljømål for vannforekomster eller lignende, slik at en sikrer åpenhet og bred medvirkning

Forvaltningsloven om ugildhet, for reglene om habilitet og forurensningsforskriftens kapittel 36 om behandling av tillatelser etter forurensningsloven, skal legges til grunn for kommunens saksbehandling.