Det er ikke noe generelt krav til desinfeksjon av avløpsvannet fra sykehus og andre helseinstitusjoner. Eventuelle smittestoffer som forekommer i denne type avløpsvann, forekommer også i normalt kommunal avløpsvann. Ved påslipp fra sykehus bør imidlertid problematikken omkring tilførsel av denne typen avløpsvann vurderes i hvert enkelt tilfelle. Det er de sentrale helsemyndigheter som må ta stilling til denne type risikoforhold og ikke anleggseier. Kunnskapen om legemidlers miljøpåvirkning er mangelfull. Legemiddelrester, for eksempel medisiner som er utgått på dato, skal derfor samles opp og destrueres slik at de ikke blir tilført kommunalt avløpsnett.

I forbindelse med drift av laboratorier og røntgenutstyr benyttes kjemikalier som må håndteres som farlig avfall. Sykehus og helseinstitusjoner bør derfor følges opp. En oppfølging av påslipp fra helseforetak bør koordineres med statsforvalterens oppfølging som forurensningsmyndighet for virksomhetene.

Ved rehabilitering eller riving av eldre bygningsmasse må entreprenøren ta nødvendige forholdsregler for å hindre utslipp av kvikksølv som er avsatt i internt ledningsnett. 

Mulige driftsproblemer i transportsystem og renseanlegg

Eventuelle driftsproblemer vil være som for avløpsvann fra fotolaboratorier og røntgenlaboratorier, og avløpsvann fra kjemiske og biologiske laboratorier.

Det er også rapportert om at oppmaling av engangsbekken av papp på sykehus kan medføre problemer i både ledningsnett og renseanlegg. Dette skyldes høyt fiberinnhold.