Kommunen plikter å samordne saksbehandlingen, jamfør plan- og bygningsloven § 21-5. Kommunen kan gjøre følgende for å sikre samordning:

• lage gode samordningsrutiner slik at de framstår som én overfor innbyggerne
• oppfordre utbygger til å sende inn søknad om utslippstillatelse og byggesøknad samtidig
• vurdere saken etter annet regelverk i tillegg, som vannforskriften, naturmangfoldloven, kulturminneloven og folkehelseloven

Det er et viktig prinsipp at utslippstillatelsen etter forurensningsforskriften skal være gitt før en tomt skilles fra, eller byggesaken behandles, jamfør plan- og bygningslovens § 27-2.