Enkeltvedtak fattet etter kapittel 15 kan påklages, jamfør forurensningsforskriften § 15-9 og forvaltningsloven § 28. 

Hvem som er klageinstans avhenger av hvilket organ i kommunen som fattet vedtaket. Dersom kommunestyret selv har fattet vedtaket er statsforvalteren klageinstans. Er vedtaket fattet av et organ i kommunen som er opprettet i medhold av kommuneloven, er klageinstansen kommunestyret eller særskilt klagenemnd, jamfør forurensningsloven § 85, annet ledd.

Klagefrist for enkeltvedtak er normalt på tre uker fra vedtaket er underrettet, jamfør forvaltningsloven § 29. I vedtaket må kommunen opplyse om retten til å klage, hvor klagen skal sendes og innen hvilken frist. Det er den instansen eller organet som har fattet vedtaket som i første omgang skal motta klagen.

Selv om kommunen ikke har sendt ut et vedtak om tillatelse etter at fristen på seks uker har løpt ut, regnes kommunens avgjørelse som et enkeltvedtak som kan påklages, se forurensningsforskriften § 15-5. Klagefristen løper fra den datoen fristen på seks uker går ut.

Når kommunen velger å ikke gi et skriftlig vedtak om tillatelse, kan det være vanskelig for omverdenen å få kjennskap til vedtaket og klagefristen. Det er derfor viktig at kommunen snarest mulig underretter parter og berørte organer om at tillatelse er gitt.

Kommunen kan kreve inn saksbehandlingsgebyr hvis kommunen har vedtatt forskrift om saksbehandlingsgebyr jamfør forurensningsforskriften § 11-4. Har kommunen en slik forskrift, bør søker så tidlig som mulig få informasjon om at behandlingen av søknaden er gebyrpliktig og om hvilken gebyrsats søker kan regne med å få krav om. Dette er hjemlet forvaltningslovens § 11.