Kommunene må vedta en gebyrforskrift for å innføre kontrollgebyr, jamfør forurensningsforskriften § 11-4. Gebyrene kan være enten årsgebyr eller gebyr for et enkelt tilsyn. Årsgebyr har den fordelen at innbyggernes utgifter fordeles jevnt, mens gebyr for enkelt tilsyn gir den som har hatt tilsyn en større ekstrautgift som ofte faller sammen med eventuelle utbedringskostnader for anlegget. På den annen side gir gebyr for et enkelt tilsyn en bedre kobling mellom gebyret og selve tilsynet enn det årsgebyr gir.