Forurensningsmyndighetene er gjennom IED forpliktet til å sette utslippsgrenser som vilkår i tillatelsene til de som er omfattet.  Vilkårene til virksomhetene skal være i tråd med nye Bat-konklusjoner senest fire år etter at konklusjonene er publisert.

I særlige tilfeller kan det gjøres unntak fra kravene i Bat-AEL og fastsettes mindre strenge utslippsgrenseverdier. Det er bestemte vilkår som må være oppfylt for at det skal kunne gis unntak.

IED er et minimumsdirektiv, slik at statene kan velge å regulere industrivirksomheter strengere eller annerledes så lenge kravene i IED er ivaretatt.

Virksomheter som er omfattet av vedtatte Bat-konkusjoner, får et pålegg fra forurensningsmyndigheten om å redegjøre for sin virksomhet mot de ulike Bat-konklusjonene.

I redegjørelsen skal det komme tydelig fram om virksomhetene overholder Bat-AEL. Redegjørelsen danner grunnlaget for vurdering av behov for endring av tillatelsen.

Det er kun Bat-AEL forurensningsmyndigheten er forpliktet til å stille i tillatelsen. Konklusjoner uten Bat-AEL vil også ligge til grunn ved endring av tillatelsen og ved framtidig saksbehandling.

Det kan også være aktuelt å stille krav om målemetoder eller spesifikke teknikker som er beskrevet i BAT-konklusjonene.