Et miljøstyringssystem er den delen av en virksomhets totale styringssystem som utformer, iverksetter og vedlikeholder virksomhetens miljøpolicy. Hensikten er å sette miljø- og klimaarbeid i system. Miljøstyringssystemet er forankret i ledelsen, og består av et sett med prosedyrer og rutiner som skal sikre høy miljøstandard i virksomheten. Det bør inkludere et kvalitetssystem med tilhørende dokumentasjon, vedtak, dataverktøy og rutiner som til sammen sørger for å fordele ansvaret for drift av miljøstyringssystemet og sikrer at systemet fungerer i praksis. Kvalitetssystemet bør også sikre at systemet og miljøprestasjonene blir evaluert og forbedret.

Et miljøstyringssystem vil minimum inneholde:

• Årlig miljøhandlingsplan
• Oppfølging av miljøhandlingsplanen i løpet av året
• Årlig miljørapport som inneholder miljøregnskapet og vurderingen av dette. Eventuelt kan miljøstyringssystemet også ha kortere regnskapsperioder enn årlig, for eksempel kvartalsvis.

Kommunen kan selv bygge opp et miljøstyringssystem etter gitte standarder eller velge et miljøstyringssystem som sertifiseres av en tredjepart. Det kan lønne seg å sertifisere flere virksomheter samtidig, for eksempel rådhus, skoler og helseinstitusjoner. Kommunen kan også oppfordre og tilrettelegge for at private virksomheter i kommunen sertifiserer seg. Se også på muligheten for å gjøre dette i samarbeid med andre kommuner.

Miljøsertifisering er en ekstern verifisering av miljøstyringssystemet som gir omverdenen sikkerhet for at virksomheten arbeider seriøst med å redusere sin påvirkning på det ytre miljøet. Miljøsertifisering innebærer at virksomheten følger standarder for oppbygging og oppfølging av miljøstyringssystemet. Miljøfyrtårn er en norsk miljøsertifiseringsordning, som ikke stiller fullt så omfattende krav som den internasjonale standarden ISO 14001 og den europeiske standarden EMAS. Virksomheter som er sertifisert etter en av disse ordningene skal ha et velfungerende og godt dokumentert miljøstyringssystem.
Miljøfyrtårn-kommuner er pliktige til å ha sertifisører. De kan da sertifisere ikke-kommunale bedrifter i egen kommune, men ikke egne kommunale virksomheter. Da må sertifisøren komme fra en annen kommune, eventuelt en ikke-kommunal sertifisør.