Forurensningen kommer fra flere kilder, blant annet tidligere industriaktivitet, avløp og gamle fyllplasser. Bybrann i 1890 og under andre verdenskrig har sannsynligvis også bidratt til forurensningen.
Sjøbunnen i Hammerfest er godt undersøkt. Undersøkelser viser at sedimentene i deler av havneområdet utgjør en risiko for effekter på marine planter og dyr, og menneskers helse. Undersøkelsene viser også at det er en fare for spredning av forurensningen.
Hammerfest kommune, Hammerfest Havn KF og Kystverket samarbeider om et felles prosjekt som omfatter å:
Masser som fjernes fra sjøbunnen både fra oppryddingen og farledsutypdningen disponeres i en cellespunt som blir fundament for den nye sentrumskaia.
Statsforvalteren i Troms og Finnmark har gitt Kystverket tillatelse til å gjennomføre tiltaket med hjemmel i forurensningsloven. Arbeidet startet i 2021 og er planlagt ferdigstilt i 2023.