Formålet med Andfjorden marine verneområde er å ta vare på et transekt fra kyst til hav, som omfatter variasjonen fra kystnære områder, herunder en terskelfjord, til åpne havområder, og gradienter fra grunne til dype områder.

Området har et svært variert og spesielt undersjøisk landskap. Området ligger der sokkelen er på sitt smaleste langs norskekysten. Her skjærer Bleiksdjupet, som er en 1000 meter dyp canyon, seg inn i sokkelen. Den bidrar til at næringsrikt dypvann føres opp i høyere vannmasser, slik at de blander seg med kyststrømmen. Kyststrømmen gjør en sving innom Andfjorden. Det gjør at fjordområdet får en stor variasjon i det undersjøiske naturmangfoldet, med innblanding av arter som normalt lever på mye dypere vann. Her finnes korallrev, korallskoger, svampskoger og

sjøfjærsamfunn. På sokkelområdene og eggakanten, hvor det har vært intensivt fiske, er mye av korallforekomstene i dårlig forfatning. Det gjør at fjorder som Andfjorden har noen av de best bevarte korallforekomstene langs norskekysten. Det finnes også grunne naturtyper som tareskoger, skjellsandbunn og ruglbunn i området. Felles for alle disse naturtypene er at de leverer viktige økosystemtjenester i form av yngle-, oppvekst- og beiteområder for mange høstbare fiskeslag, som igjen gir grunnlag for et rikt fiskeri, samt store forekomster av hval og sjøfugl.

Området omfatter et areal på 1848,5 km².